Οι νίντζα, ή σινόμπι, με ταπεινή καταγωγή, εξελίχθηκαν σε εξαιρετικά ειδικευμένους πράκτορες κατά τη διάρκεια της ταραχώδους περιόδου Σενγκόκου. Σε αντίθεση με τη δημοφιλή πεποίθηση, δεν ήταν μόνο δολοφόνοι αλλά και επιδέξιοι κατάσκοποι και σαμποτέρ.
Η εκπαίδευσή τους, που συχνά ξεκινούσε από την παιδική ηλικία, περιελάμβανε ένα ευρύ φάσμα δεξιοτήτων, όπως μυστικότητα, διείσδυση, μεταμφίεση και αντισυμβατικές τακτικές μάχης.
Οι φατρίες Iga και Koga, που βρίσκονται σε απομακρυσμένες και ορεινές περιοχές, αποτέλεσαν το έδαφος αναπαραγωγής των επίλεκτων πολεμιστών νίντζα. Αυτές οι φυλές ανέπτυξαν εξειδικευμένες τεχνικές και στρατηγικές, που τους χάρισαν φήμη στον σκοτεινό κόσμο της κατασκοπείας. Σε αντίθεση με τους συμβατικούς στρατιώτες, οι νίντζα δεν δεσμεύονταν από κώδικες τιμής, γεγονός που τους επέτρεπε να χρησιμοποιούν κάθε αναγκαίο μέσο για την επίτευξη των στόχων τους.
Ο οπλισμός των νίντζα επεκτάθηκε πέρα από το εμβληματικό shuriken και περιελάμβανε μια ποικιλία κρυφών και αυτοσχέδιων εργαλείων. Χρησιμοποίησαν ευφυείς συσκευές όπως βόμβες καπνού (smoke bombs), γάντζους, ακόμα και εκρηκτικά για να δημιουργήσουν χάος και σύγχυση πίσω από τις γραμμές του εχθρού.
Οι νίντζα ήταν μάστορες της μεταμφίεσης, αναμειγνυόμενοι άψογα στο περιβάλλον τους υιοθετώντας διάφορες προσωπικότητες, όπως έμποροι, ιερείς ή αγρότες. Αυτή η ικανότητα απόκρυψης της πραγματικής τους ταυτότητας τους επέτρεπε να συγκεντρώνουν πληροφορίες χωρίς να προκαλούν υποψίες.