Η Κλεοπάτρα απέκτησε τέσσερα παιδιά. Μέσα στον περίπλοκο ιστό συμμαχιών και αγώνων για την εξουσία που χαρακτήριζε την εποχή εκείνη, τα παιδιά της Κλεοπάτρας αναδείχθηκαν σε σύμβολα ελπίδας και αβεβαιότητας.
Ο πρωτότοκος γιος της, ο Καισαρίων, που γεννήθηκε από την σχέση της με τον Ιούλιο Καίσαρα, αντιμετώπισε μια επισφαλή πορεία προς τη νομιμοποίηση μετά τη δολοφονία του Καίσαρα. Παρά τις προσπάθειες της Κλεοπάτρας να διασφαλίσει τη θέση του, η άνοδος του Οκταβιανού στην εξουσία επισκίασε το μέλλον του. Στις ταραχώδεις ημέρες μετά την πτώση του Αντώνιου και της Κλεοπάτρας, η μοίρα του Καισαρίωνα παραμένει θολή από τα αραιά ιστορικά στοιχεία/ Εικάζεται ότι πιθανότατα είχε τραγικό τέλος στα χέρια των ρωμαϊκών δυνάμεων.
Τα δίδυμα παιδιά της Κλεοπάτρας, ο Αλέξανδρος Ήλιος και η Κλεοπάτρα Σελήνη η Β΄, (από τη σχέση της με τον Μάρκο Αντώνιο) είχαν μια ζωή γεμάτη πολιτικές ίντριγκες και μπλέχτηκαν σε επικίνδυνα πολιτικά παιχνίδια.. Μετά την πτώση των γονέων τους από την εξουσία, παρέλασαν στους δρόμους της Ρώμης, προκαλώντας λύπηση στον κόσμο, αλλά στην πραγματικότητα τους χρησιμοποιούσε ο Οκταβιανός για να δείξει τη δική του δύναμη. Παρόλο που κάποιες ιστορίες λένε ότι γλίτωσαν, δεν ξέρουμε τι απέγιναν τελικά και χάθηκαν από την ιστορία.
Όσο για τον Πτολεμαίο Φιλάδελφο, το μικρότερο παιδί της Κλεοπάτρας με τον Αντώνιο, ελάχιστα αρχεία μας δίνουν πληροφορίες για την τύχη του. Οι εικασίες είναι πολλές: από μια απομονωμένη πολυτελή ζωή μέχρι έναν πρόωρο θάνατο. Έτσι η ιστορία του περιπλέκεται με τα μυστήρια της αρχαιότητας.